Se encuentra al suroeste de Las Cabezas de San Juan. La laguna del Pilón forma parte del grupo que integran el Complejo Endorreico de Lebrija-Las Cabezas (Charroso, Taraje, Pilón, Peña, Galiana y Cigarrera). Respecto a laas demás lagunas se localiza al suroeste de la laguna del Taraje y al norte de las lagunas Peña, Galiana y Cigarrera.Se sitúan en el contacto entre las zonas externas de las Cordilleras Béticas y las unidades sedimentarias del Valle del Guadalquivir.Tiene su origen en la karstificación de los materiales yesíferos del Trías sobre los que se asienta.
Como la mayor parte de los humedales de este complejo tienen una alimentación mixta proveniente de tanto de aportes superficiales como subterráneos. Su régimen es temporal, sólo queda una pequeña charca a finales del verano, sin llegar a secarse completamente. Es de las más someras del Complejo lagunar, generalmente las aguas son de naturaleza subsalina durante gran parte del año. La vegetación de la laguna está fundamentalmente constituida por cultivos herbáceos de secano y pastizales, todas ellas afectadas por el intenso pastoreo de la zona . Todas estas lagunas se encuentran en una finca privada.
En el caso de las aves migratorias e invernantes destacan especies tales como el avefría, la cigüeñuela, la garza real, la garceta grande,la cerceta común, el pato cuchara y el porron común, entre otras muchas. Las aves más frecuentes que utilizan la laguna para nidificar suelen ser el porrón común, la malvasía, el pato colorado, la polla de agua, el ánade real y la cigüeñuela. También destacan mamíferos presentes en el lugar tales como la gineta, el zorro, la comadreja y el conejo. Completan la variedad faunística varias especies de anfibios y reptiles.