El arroyo Madre de la Dehesa del Estero constituye la cabecera del estero de Domingo Rubio (véase ficha de Domingo Rubio en t.m. de Palos). Corresponde al tramo continental de este pequeño sistema hidrográfico de carácter temporal que drena los montes de Moguer. En su tramo final, a partir de Palos, se vuelve marisma fluvio-mareal tornando su nombre a Estero de Domingo Rubio. En diversos puntos de la Madre se producen descargas laterales desde los materiales detríticos (arenas consolidadas, gravas…) que se desarrollan en el entorno pertenecientes a la unidad acuífera de Doñana. En el arroyo, antes de transformarse en el estero de Domingo Rubio, caben distiguir dos sectores: el primero, claramente continental, corresponde a la cabecera de la cuenca y tiene morfología de cicatriz hendida sobre los materiales detríticos; el segundo sector corresponde al tramo terminal, con perfil de artesa y llanura de inundación, en el que el curso se dilata por coincidir con el antiguo tramo fluviomareal completamente colmatado en nuestros días. A lo largo del mismo se desarrolla una lujuriante vegetación de especies de ribera (Tarajes, Zarzas, Lithrum, Salix…) que se torna en formación palustre en el tramo final (a los tarajes se le incorporan eneas, carrizos, castañuelas…). En este sector abundan numerosas especies de aves acuáticas (espátulas, cigüeñas, cigüeñuelas, agujas colinegras, garzas…) atraídas por la presencia de agua somera y dulce.
Es interesante resaltar la velocidad de colmatación de este último tramo en periodo histórico: sirva de ejemplo significativo que en el mismo se han detectado restos de un humilde asentamiento romano correspondiente a un poblado de pescadores (se ven los concheros). Ello prueba el carácter mareal que por esos tiempos tenía.
En la actualidad se ha intensificado la tasa de colmatación por los arrastres procedentes de terrenos cultivados y desmontes desarrollados en su cuenca que ponen en peligro la conservación del espacio.