El molino de San Francisco se sitúa en el actual parque de San Francisco, en la orilla derecha del río Guadaíra, prácticamente enfrentado al Molino de la Tapada.
El origen de este edificio es impreciso, aunque existía hasta finales del siglo pasado una pequeña placa de barro en la que se indicaba la fecha de 1605, posiblemente indicativa de su construcción original.