La laguna Vía Verde del Pinillo se encuentra localizada en el término municipal de Ayamonte, a unos 5 km al este del municipio junto a la pista Vía Verde Litoral. Esta laguna, encuadrada dentro de una zona de marisma en la parte sur, se encuentra limitada por dos caminos, lo que le confiere un aspecto casi triangular.
Se trata de una laguna temporal de aguas someras y con régimen hídrico estacional. Los alrededores del humedal se encuentran alterados por la presencia de dos caminos muy próximos al humedal. Sin embargo, la estructura del humedal se encuentra muy bien conservada y con una calidad ecológica muy alta.