La laguna de La Roa se localiza al norte de la población de Baena, equidistante entre las poblaciones de Castro del Río y Valenzuela. Concretamente, al borde de la carretera A-3125. En las cercanías de las lagunas del Butaquillo, la Quinta, el Rincón del Muerto y Cortijo Viejo, con las que comparte la naturaleza litológica de la cuenca, constituida por calizas arenosas, areniscas, margas abigarradas y yesos.