Al construir la Presa, se vieron también obligados a renovar la línea de ferrocarril y a construir tres tramos de carreteras, ya que tanto un tramo de la línea de ferrocarril como carreteras quedaron inundadas por los embalses. Al igual que quedaron inundadas un tramo de la vía de ferrocarril y carreteras, también tuvieron que desalojar a los vecinos del pueblo de Peñarrubia y a su barriada, Gobantes, donde se encontraba la estación de Ferrocarril.
Las presas de Guadalhorce y Guadalteba unen sus aguas para luego adherirse a las aguas ya reguladas del embalse Conde de Guadalhorce; las cuales se recogen en el embalse de Gaitanejo, antes de introducirse por el desfiladero de los Gaitanes.