Se localiza al sur de la provincia de Sevilla en las proximidades de la localidad del Palmar de Troya, está integrada en el Complejo Endorreico de Utrera formadas por las lagunas Alcaparrosa, Arjona y Zarracatín. Se ubican en las zonas de contacto de las Zonas Externas de las Cordilleras Béticas y la Deopresión del Guadalquivir.
Su alimentación es fundamentalmente de origen superficial, aunque también desarrollan un flujo subterráneo procedente de las margas próximas cuyo comportamiento hidrogeológico es de acuítardo.
La laguna de Arjona es la única de régimen permanente del Complejo.
Está totalmente rodeada de cultivos herbáceos de secano (cereal, girasol…) y la vegetación natural dominante es de carrizal y tarajal. El enclave se sitúa en propiedad privada.