El paraje Natural donde se sitúan estas lagunas se encuentra en las proximidades de Málaga, en la desembocadura del río Guadalhorce.
Se trata de un humedal generado artificialmente por inundación de graveras abandonadas, donde hay un importante punto de nidificación de aves acuáticas. Toda esta área corresponde a un antiguo estuario colmatado por depósitos aluviales cuaternarios del río Guadalhorce, compuestos mayoritariamente por arenas, limos y arcillas.
El entorno de la desembocadura corresponde con el área natural de inundación del río, en la que el trazado meandriforme del río ha dado lugar a un brazo no funcional (Madre Vieja del Guadalhorce), y a numerosas charcas y zonas de marismas en la margen izquierda del río.
A partir de los años 70, los planes de ordenación urbana permiten un uso residencial e industrial muy cercano a los límites del río. En la actualidad, el problema de la ocupación del entorno del Guadalhorce se ha agravado con la construcción de urbanizaciones, polígonos industriales e instalaciones deportivas. Todas estas construcciones dan lugar a desviaciones e incluso obstrucciones en las vías naturales de drenaje.
A lo largo de la historia se han producido frecuentes inundaciones en la desembocadura del Guadalhorce como consecuencia de su topografía llana, trazado meandriforme que disipa gran parte de la energía del agua y la cercanía del mar, que contribuye con su dinámica a generar un ambiente pantanoso y húmedo. De este riesgo natural ya eran conscientes los fenicios, como queda probado por el asentamiento del Cerro del Villar, situado en la única elevación existente en la zona de desembocadura del río Guadalhorce.
Es posible observar que el nivel del río en la desembocadura está situado por encima del nivel del suelo de la urbanización Guadalmar que se encuentra muy próxima, acrecentando el riesgo de inundación. Este riesgo natural se constató durante la inundación producida en 1989, que originó importantes pérdidas y daños en la ciudad de Málaga. Con objeto de paliar los posibles efectos de inundaciones futuras, se ha llevado a cabo la construcción de un nuevo encauzamiento del río Guadalhorce.
La vegetación más abundante en este entorno la componen tarajales, juncales y carrizales.