Se encuentra junto a la ermita del Valle, de Manzanilla, a las afueras del casco urbano de Manzanilla, 1 km hacia el este, en un lugar conocido como Vado de San Nicolás, zona próxima a un antiguo Santuario de la misma advocación.
La primitiva ermita data del siglo XV. Posteriormente, tras el terremoto de 1755, se reconstruyó dentro de la tipología propia de las ermitas de la provincia de Huelva, en ella tiene lugar una feria todos los años.