El complejo endorreico Lebrija-Las Cabezas es el último reducto de un gran sistema lagunar que recorría toda la campiña entre Sevilla y Cádiz. La actividad humana ha limitado este complejo a las lagunas de la Cigarrera, Galiana, Peña, Pilón y Taraje (la única permanente), así como la de Charroao, conocida como de Bujadillo o de la Herradura.
Estas lagunas obtienen sus aguas, principalmente, del aporte de la lluvia que, sumado a un suelo poco permeable y alomado, originan las lagunas en las zonas bajas. Los restos de una casa romana, en la laguna del Taraje, atestiguan una actividad agrícola temprana. Sin embargo, actualmente sólo quedan algunas carrascas y acebuches, diseminados alrededor las lagunas, acompañados de matorral. Sólo la Cigarrera presenta vegetación típica de ribera en sus orillas (tarajes, carrizos o eneas).
Las lagunas de Lebrija-Las Cabezas tienen gran importancia para las aves, actuando como zona alternativa a Doñana para cría, reproducción y descanso durante las migraciones. Es fácil observar especies amenazadas como la focha cornuda o la malvasía cabeciblanca, y multitud de patos, garzas, pequeñas aves y rapaces.
Se caracteriza por poseer vasos lacustres de reducida extensión (5 ha), y profundidad, dependiendo directamente del volumen de precipitaciones.
El Complejo Endorréico tiene una extensión de 962.0 ha.